Giải đấu kéo dài từ ngày 24/04/2016 và kết thúc vào ngày 03/07/2016 với sự góp mặt của 12 đội bóng thi đấu theo thể thức league, do VietFootball đứng ra tổ chức. Giải hạng nhất HPL 2016 có sự góp mặt của các đội bóng phong trào Hà Nội gồm FC Coca, FC Phương Anh, FC Nguyễn Trãi, FC Vinapros, FC EOC, FC Dương Nội, FC HBG, FC Gia Việt, FC Suzika Hữu Bằng, FC Cộng, FC BIDV Quang Trung và đại diện đến từ Lào Cai là FC Du Lịch.
EOC, ứng cử viên nặng ký cho danh hiệu vô địch giải hạng Nhất HPL
Luật thi đấu: Luật bóng đá 7 người, mỗi trận đấu gồm 2 hiệp, mỗi hiệp 30 phút, nghỉ giữa hiệp là 10 phút, không áp dụng luật việt vị. Theo quy định của BTC, 2 đội xếp thứ nhất và thứ nhì sẽ giành quyền tham dự giải Ngoại hạng HPL-S4 năm 2016. Trong trường hợp CLB giành quyền thăng hạng nhưng không tham dự giải Ngoại hạng, BTC sẽ quyết định CLB thay thế. Các đội bóng xếp thứ 11 và thứ 12 của giải hạng Nhất HPL 2016 sẽ xuống thi đấu tại giải bóng đá hạng dưới hạng đấu hiện tại một hạng trong mùa giải kế tiếp do VietFootball tổ chức.
FC Hữu Bằng có rất nhiều tham vọng ở giải hạng Nhất HPL
Cầu thủ đã đăng ký thi đấu tại giải hạng Nhất HPL 2016 sẽ không được thi đấu tại giai đoạn I giải HPL-S4, ngoại trừ cầu thủ đăng ký thi đấu cho 2 CLB giành quyền thăng hạng thi đấu tại giải HPL-S4 năm 2016. Mỗi CLB được đăng ký tối đa 20 cầu thủ. Trong danh sách 20 cầu thủ, mỗi CLB chỉ được đăng ký tối đa 07 cầu thủ đã đăng ký thi đấu tại các giải bóng đá chuyên nghiệp Việt Nam năm 2016 (V.League, Hạng nhất Quốc gia, Cúp Quốc gia). Mỗi trận đấu, CLB được phép thay thế tối đa 7 cầu thủ. Cầu thủ đã thay ra không được phép trở lại sân thi đấu nữa. Trong từng thời điểm của trận đấu, CLB chỉ được phép sử dụng tối đa 3 cầu thủ đã đăng ký thi đấu tại các giải bóng đá chuyên nghiệp Việt Nam năm 2016 thi đấu trên sân.